En la actualidad el Museo de la Vera Cruz se encuentra en la Casa del Capellán, distribuido en tres salas o estancias superpuestas.
En el subsuelo se sitúa la primera, conteniendo los restos arqueológicos de la muralla del castillo medieval interior de la fortaleza.
La segunda se ubica en planta baja, coincidiendo con el claustro bajo, y contiene una muestra de orfebrería relacionada con el culto a la Vera Cruz a través de los siglos.
La tercera, en primera planta, contiene ademas de piezas de orfebrería, bibliografía antigua, la colección de tablas renacentistas (la mas antigua representación gráfica del aparecimiento de la Vera Cruz) de Hernando de Llanos (discípulo de Leonardo da Vinci), así como la casulla y ornamentos eclesiásticos atribuidos al sacerdote Gines Pérez Chirinos.
Anexa se encuentra la Sala de Cabildos de la Real e Ilustre Cofradía de la Santísima y Vera Cruz de Caravaca, con muestras relativas al pasado de la institución (bulas papales, privilegios...), así como la galería de fotografías de algunos de los hermanos mayores de la R.e I. Cofradía de la Santísima y Vera Cruz de Caravaca de los siglos XIX y XX.
